La CFTC est divisée en 22 unions régionales,100 unions départementales et 249 unions locales.
Elle compte 1 145 syndicats regroupés en 14 fédérations professionnelles (commerce-services-forces de vente, enseignement privé, métallurgie, collectivités territoriales, transports, télécoms, banques…).
Elle revendique 142 000 adhérents.

La confédération est dirigée par un congrès et un conseil confédéral qui se réunit trois fois par an et qui est chargé de contrôler l’exécutif. L’exécutif est bicéphale, il est composé d’une commission exécutive et du bureau national. Son président actuel est Philippe Louis, réélu au 50e congrès de Strasbourg en octobre 2008. Pascale Coton est secrétaire générale depuis ce même congrès confédéral.

La CFTC est membre de la Confédération syndicale internationale (CSI). Auparavant elle appartenait à la Confédération mondiale du travail (CMT).